非序列特异性的SNP检测是一种基于构象的突变扫描方法，其基本原理是：对于一个经PCR扩增后具有固定长度的DNA片段而言，其分子构象是由碱基序列所决定的。因此，单个碱基的改变能够引起DNA分子单链或等位基因间形成的错配异源双链在非（或轻度）变性条件下存在微小的构象差别，这些不同的构象体在电泳或高效液相检测中因移动性的差异而得以区分：发现新的SNP的一个普遍策略就是首先用PCR方法扩增感兴趣的基因或基因片段．然后利用基于构象的突变扫描方法快速分析大量PCR产物，最后对阳性的PCR产物进行测序，从而发现新的突变。可供选择的方法包括单链构象多态性分析( SSCP)、构象敏感凝胶电泳、变性梯度凝胶电泳和变性HPLC等。基于构象的SNP检测方法的优点是可以简单快速地确定目标基因片段中是否存在突变，其缺点是：①不能给出序列信息，因而无法确定具体突变位点与突变形式；③不能对一个PCR片段中的多个突变加以区分；③对操作者技术要求较高。
序列特异性的SNP检测是根据已知的基因序列和SNP信息，设计序列特异性的探针和引物，用于已知SNP的分析和确证。随着更为精确的人类基因组图谱和高密度SNP图谱的完善，目前SNP检测的重点正在由SNP的发现逐渐转移至对个体或人群中已知SNP的确定和与复杂表型的相关性(如LD)研究。随着荧光标记、检测技术的发展和固相反应技术的应用，序列特异性SNP检测正在向大规模、高密度、平行快速检测的方向发展，已成为基因分型方法的研究重点。
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